Az iskolát az 1909-10-es nagy iskolaépítő korszakban Bárczy Géza polgármester időszakában építették. Elemi iskolaként működött „Szentendrei úti” iskola néven. 1948-tól nyolcosztályos általános iskolai oktatás folyt, egészen 1958-ig. Ugyanezen év szeptemberétől gimnáziumi osztály is indult és 1962-re 12 évfolyamos iskolává fejlődött az intézmény. 1958. november 8-án, egy iskolai ünnepélyen vettük föl a „Kőrösi Csoma Sándor Általános Iskola és Gimnázium” nevet.
Az iskola 12 évfolyamos tanintézményként működött 1974-ig. Ekkor az általános iskolai oktatás az épületben megszűnt, és csak a gimnázium maradt. 1974 szeptemberétől első évfolyamon megindult a magyar-orosz két tanítási nyelvű képzés. Az első két tanítási nyelvű évfolyam tanulói 1978-ban érettségiztek. Kéttannyelvű gimnáziumunk az 1980-as évek közepéig az országban egyedülálló iskolaként működött.
1974-től 1987-ig a Kőrösi Csoma Sándor Gimnázium volt az egyetlen a kéttannyelvű iskola az országban. Amikor 1987-ben, több középiskolában indítottak kéttannyelvű oktatást, a Kőrösi tizenhárom éves tapasztalatainkra építve alakították ki azok tantervét. Mára a két tanítási nyelvű oktatás elfoglalta méltó helyét a magyar oktatásban.
2000. szeptember 1-től iskolánk alapítványi fenntartásúvá vált. A III. kerületi Önkormányzat és a „TIÉD A JÖVŐ” Alapítvány között kötött közoktatási megállapodás értelmében a III. kerületi Önkormányzat évfolyamonként huszonöt óbudai, állandó lakos, orosz nyelvet tanuló diák részére továbbra is biztosította az éves tanulmányi költségek kiegészítő finanszírozását.
2001 szeptemberétől az iskola tevékenységi köre kibővült, többcélú intézménnyé alakult. A változás egyrészt érintette a már hagyományos, több évtizedre visszatekintő két tanítási nyelvű képzést, ugyanis a 2001/2002. tanévtől kezdődően a magyar-orosz két tanítási nyelvű oktatás kibővült a magyar-német, majd a 2003/2004-es tanévtől kezdődően a magyar-angol két tanítási nyelvű képzéssel.
További változást jelentett az intézmény működésében, hogy tevékenységi körünket kiegészítettük az érettségi bizonyítvány megszerzését követő, iskolarendszeren belüli, illetve iskolarendszeren kívüli szakképzés bevezetésével is.
2012/2013. tanévvel bezárólag a gimnáziumunkban három célnyelvet oktat két tanítási nyelvű képzés keretében.
Az Intézmény fenntartója 2013. szeptember 1-jétől a Baptista Szeretetszolgálat (Egyházi Jogi Személy). Az érettségi vizsgára épülő szakképzés a jogszabályi változások, illetve a fenntartó távlati céljai miatt megszűnt, az intézmény tiszta profilú gimnáziumként működik a továbbikaban.
